IT導入補助金のインボイス枠とは？対象となるITツールや申請方法を解説

IT導入補助金には複数の申請枠があり、インボイス制度対応のために「インボイス枠」を利用する事業者が増えています。しかし、インボイス枠の具体的な制度内容を詳しく知らない方も多いでしょう。

IT導入補助金のインボイス枠は、事業者がインボイス制度に対応するためのITツール導入を支援する枠です。インボイス対応類型・電子取引類型の2種類に分かれており、対象となるITツール・補助率などに違いがあります。

今回は、IT導入補助金のインボイス枠について制度内容・申請方法を詳しくみていきましょう。本記事を読めば、インボイス枠の内容を理解してスムーズに申請手続きを進められます。補助金でインボイス対応をスムーズに進め、経理業務の効率化・ペーパーレス化を図りましょう。

そもそもIT導入補助金とは？

IT導入補助金とは、中小企業・小規模事業者がITツールを導入する際に費用の一部を国が補助する制度です。IT導入補助金の目的は生産性向上・業務効率化を支援し、企業の競争力を高める点にあります。例えば、業務のデジタル化・顧客管理の効率化を目指す企業が会計ソフト・顧客管理システムを導入する際に利用が可能です。

ITツールは業務効率化に役立つ一方、ソフトウェアの購入費用などの初期コストがかかります。IT導入補助金を活用すれば、十分な資金がない中でもITツールの導入による恩恵を受けられます。

IT導入補助金には全部で5つの申請枠がある

IT導入補助金は、企業のニーズ・導入内容に応じて5つの申請枠が用意されています。

参考：IT導入補助金2024

IT導入補助金は5つの申請枠により、様々な事業者のニーズに応じて適切な支援を受けられる仕組みです。なお、各申請枠で対象となるITツール・補助金額・補助率・申請要件が異なります。例えば、通常枠では幅広いITツールが対象ですが、インボイス枠ではインボイス制度に対応したものに限定されています。

IT導入補助金の対象事業者

IT導入補助金の対象となるのは、以下の表にまとめた条件に該当する主に中小企業・小規模事業者です。

【中小企業】

【小規模事業者】

製造業・サービス業・小売業など、業種を問わず幅広い事業者が利用できる点が特徴です。

インボイス制度対応に向けたITツール導入をサポートする2つの枠

IT導入補助金ではインボイス制度対応に向けたITツール導入を支援する枠として、以下の2つを設定しています。

• インボイス枠（インボイス対応類型）
• インボイス枠（電子取引類型）

各申請枠の補助対象とするITツールなどの条件を把握し、自社の状況に適した枠で手続きを進めましょう。

インボイス枠（インボイス対応類型）

「インボイス対応類型」は、インボイス制度に対応するためのITツール導入を支援する枠です。具体的には、適格請求書を作成・管理できる会計ソフトなどが対象となります。具体的な補助率・補助額・対象経費は、以下の表の通りです。

引用：公募要領「インボイス枠（インボイス対応類型）」｜IT導入補助金2024

インボイス枠（インボイス対応類型）の補助率は対象経費の1/2〜4/5以内で、最大350万円の補助を受けられます。また、ソフトウェアの導入が前提となりますが、PCなどのハードウェアも補助対象です。

インボイス制度では取引先に適格請求書を発行し、正確に取引を記録しなければなりません。そのため、適格請求書を発行・管理できる機能を備えたシステムの導入は不可欠です。特に、十分な資金がない中小企業にとって、新規システム導入にかかるコストの負担を軽減できるのは大きな助けとなります。

インボイス枠（電子取引類型）

「電子取引類型」は、インボイス制度に対応した受発注システムを商流単位で導入する場合に利用できる枠組みです。発注者がインボイス制度対応の受発注ソフトを導入して受注者に無償でアカウントを提供する場合に、導入費用の一部を支援します。

引用：公募要領「インボイス枠（電子取引類型）」｜IT導入補助金2024

対象となるITツールは商流単位での導入が前提となるため、クラウド型の受発注システムに限定されます。なお、補助対象経費は提供するアカウントの数に応じて変わる仕組みです。具体的には、以下の計算式で算出します。

• 補助対象経費＝クラウド利用費×（受注者に提供するアカウント数÷契約したアカウントの総数）

例えば、利用料200万円の受発注システムを導入し、契約した4つのアカウントのうち3つを受注側に提供した場合の補助対象経費は以下の通りです。

• 200万円×（3アカウント÷4アカウント）＝150万円

インボイス対応類型で対象となるソフトウェアは全部で3種類

インボイス対応類型で対象となるソフトウェアは、以下の3種類です。

• 会計ソフト
• 受発注ソフト
• 決済ソフト

どのようなジャンルのソフトウェアが導入できるのか把握し、自社の課題解決に向けて検討しましょう。

会計ソフト

会計ソフトは、インボイス制度の要件である適格請求書の発行・取引記録の管理などを効率的に行えるツールです。請求書の作成だけでなく売上・経費の計上、税務申告に必要なデータの自動集計にも対応しています。

会計業務にかかる時間を大幅に短縮できるため、人的リソースに乏しい中小企業でも少ない人数で運用が可能です。また、ソフトウェアは定期的にアップデートされるケースが多く、最新の税法改正にも自動で対応できます。クラウド型の会計ソフトを選べば、どこからでもアクセス可能で複数の担当者が同時に作業できる点も便利です。

受発注ソフト

受発注ソフトは、取引先との受発注業務を効率化するためのツールです。インボイス制度では、取引ごとに適格請求書のやり取りが求められます。受発注ソフトを導入すれば、取引情報のデジタル化と正確な記録・保存が可能です。

受発注ソフトは納品書・請求書の自動生成機能を備えているものが多く、注文内容の入力ミスを防ぐとともに業務効率化に寄与します。また、クラウド型ソフトを利用すれば、取引先との請求データ共有もスムーズです。機種によってはデータ分析機能が備わっており、コスト削減のヒントも得られます。

決済ソフト

決済ソフトは、取引の決済処理を効率化するためのツールです。特に、電子決済の普及が進む中で欠かせない存在となっています。

決済ソフトは、インボイス制度の要件に適合する形で領収書を発行できる機能を備えている点が特徴です。また、クレジットカード・電子マネーなど多様な決済手段に対応しているケースも多く、顧客の購買における利便性を向上させられます。決済データを自動的に会計ソフト・受発注ソフトと連携できるため、一貫したデータ管理が可能で経理業務の効率化につながります。

インボイス対応類型で補助対象となるITツールは4種類ある

インボイス対応類型では、企業がインボイス制度に対応するために必要な4種類のITツールが補助対象となります。

ソフトウェア本体はもちろん、付随するオプション機能・導入サポートなどの役務も補助対象です。さらに、ソフトウェアを導入するPOSレジ・領収書を発行するプリンターなども補助対象となります。

インボイス対応類型で対象となるITツールの例

インボイス対応類型で対象となるITツールとして、以下の3つを紹介します。

• 弥生会計 24
• freee会計
• ほのぼのNEXT

上記のソフトはインボイスの発行・保存機能を備え、業務効率化とコンプライアンス対応を同時に実現します。各特徴を理解した上で、事業のニーズに合ったツールを選ぶ参考にしてください。

弥生会計 24

「弥生会計 24」は、中小企業・個人事業主に人気の会計ソフトです。「弥生会計 24」はインボイス制度に完全対応しており、適格請求書の作成・仕訳などの記帳作業をスムーズに行えます。

管理画面はシンプルで使いやすく、使用方法をフローチャート形式で紹介してくれる「クイックナビゲータ」を搭載している点が特徴です。フローチャートをみながら目的の作業を簡単に実行できるため、会計の専門知識がなくてもスムーズに操作できます。

取引情報をクラウド経由で取り込み、自動仕訳してくれる「スマート取引取込」を搭載している点も魅力です。領収書をスマホでスキャンするだけで自動仕訳できるため、会計業務を大幅に削減できます。

freee会計

「freee会計」は、クラウド型の会計ソフトとして多くの中小企業・スタートアップ企業に支持されています。インボイス制度への対応として適格請求書の発行・保存機能を標準搭載しており、取引データの自動仕分け・税務申告のサポートも可能です。

また、入金・支払いが生じる取引は期日を設定するだけで予定表を自動作成できます。予定表とともに仕訳データも作成されるため、転記作業が不要で大きく業務を効率化できます。

預金残高との一致性・会計ルールとの整合性をシステムが判別し、決算書の修正点を自動で指示してくれる点も特徴です。修正後はボタンを1クリックするだけで決算書を自動作成してくれます。

ほのぼのNEXT

「ほのぼのNEXT」は福祉施設・介護事業者向けに設計された会計業務支援ソフトで、インボイス制度にも対応しています。ほのぼのNEXTは、介護報酬の計算など福祉業界特有の業務フローに最適化されている点が特徴です。

専用アプリ「つながる家族」を提供しており、アプリ内で利用者と請求書・領収書のやり取りを完結できます。請求書・領収書を紙ベースで送付する手間を省けるため、業務負担とともに印紙代などのコストも削減できます。

福祉分野での専門知識をもつ介護事務管理士が、サポートスタッフとして常駐している点も魅力です。システムの使い方はもちろん、介護報酬の請求など専門的な質問にも回答してくれます。

インボイス対応類型で審査される項目

インボイス対応類型の補助金申請では、採択の可否を判断するために以下の審査項目が設定されています。

提出された書類をもとに、上記の審査項目に従って採択の可否を決定します。そのため、IT導入補助金導入支援事業者と相談した上で、上記の審査項目に該当する内容を申請書類で明記することが大切です。

また、審査では上記以外にも加点・減点項目があります。以下で、加点・減点項目の詳細をみていきましょう。

審査の加点項目

インボイス対応類型の審査において加点となる項目は、以下の通りです。

加点項目の中でも、「みらデジ経営チェック」は公式ホームページから簡単に実施できるのでおすすめです。

審査の減点項目

インボイス対応類型の審査では加点項目が用意されている一方で、以下の減点項目も存在します。

• IT導入補助金2021の交付決定を受けた事業者
• IT導入補助金2022およびIT導入補助金2023において通常枠（A・B 類型）、デジタル化基盤導入枠（デジタル化基盤導入類型および複数社連携IT導入類型）で交付決定を受けた事業者
• IT導入補助金2024において通常枠で申請を行っている、もしくは交付決定を受けた事業者
• IT導入補助金2024以降において賃金引上げ計画による加点を受けた上で採択されたにも関わらず、申請した加点要件を達成できなかった事業者
• 中小企業庁が所管する他補助金において、賃金引上げ計画による加点を受けた上で採択されたにも関わらず、申請した加点要件を達成できなかった事業者

過去にIT導入補助金の交付決定を受けている場合、審査では減点対象となる確率が高いです。既にIT導入補助金を受給していて再度申請する場合は、審査で不利になる点に留意しておきましょう。

IT導入補助金のインボイス枠申請で提出する必要書類

IT導入補助金のインボイス枠を申請する際には、以下の必要書類を準備する必要があります。

主に、本人確認と事業の実態を確認する目的で上記書類の提出が必要です。なお、確定申告書に関しては税務署が受領したと分かるもののみが対象となります。e-Taxで確定申告した場合は、税務署からメールで送られる受信通知も合わせて提出する必要があります。

IT導入補助金のインボイス対応類型における申請方法

IT導入補助金のインボイス対応類型を申請するには、以下の手順を順番に進める必要があります。

1. gBizIDプライムアカウントの取得・「SECURITY ACTION」宣言の実施
2. 「みらデジ経営チェック」の実施
3. IT導入支援事業者・ITツールを選ぶ
4. 交付申請
5. 交付決定後にITツールを導入
6. 事業実績報告後に補助金を受給

各ステップを正確に理解して必要な準備を行えば、スムーズな申請が可能となります。

①gBizIDプライムアカウントの取得・「SECURITY ACTION」宣言の実施

申請を始める前に、まずgBizIDプライムアカウントを取得する必要があります。gBizIDプライムアカウントは、IT導入補助金の申請に必要なオンラインシステムへのアクセスを可能にするアカウントです。

gBizIDプライムアカウントの取得方法は、郵送申請とオンライン申請の2種類から選択できます。郵送申請は1週間ほど時間がかかりますが、オンライン申請であれば即日でアカウント発行が可能です。オンライン申請は公式ホームページにアクセスして手続きを進められます。

また、情報セキュリティへの取り組みを示す「SECURITY ACTION」の宣言も必須です。申請事業者が情報セキュリティ対策に取り組む意思を示すもので、公式ホームページから申し込みフォームに記入するだけで手続きできます。

②「みらデジ経営チェック」の実施

次に、「みらデジ経営チェック」を実施します。みらデジ経営チェックは、自社のデジタル化の現状を診断し、改善点・必要なITツールを明確にできるツールです。

インボイス枠では申請の必須要件ではありませんが、実施すると審査で加点評価が与えられます。公式ホームページで事業者登録後、マイページから「みらデジ経営チェック」を実施できます。

③IT導入支援事業者・ITツールを選ぶ

続いて、IT導入支援事業者・ITツールを選びましょう。補助金対象となるITツールは事前に登録されたものに限られており、「ITツール・IT導入支援事業者検索」から探し出せます。また、IT導入支援事業者からITツールを導入しないと補助対象となりません。

IT導入支援事業者は補助金申請・ITツール導入をサポートしてくれるため、受給までの流れが大幅にスムーズになります。IT導入支援事業者を選ぶ際は、事前にホームページをチェックしてどのようなサービスを受けられるか確認しておきましょう。

④交付申請

必要書類が揃ったら、IT導入支援事業者から招待される申請マイページで交付申請を行います。事業者情報・労働生産性指標など、画面上で指示される必要事項を具体的に記載しましょう。

交付申請で記入した内容をもとに審査が行われ、採択の可否が決定されます。各公募回で定められた期間内に提出する必要があり、期限に遅れると申請が受理されないため注意が必要です。

⑤交付決定後にITツールを導入

交付決定の通知を受けた後、選定したITツールを導入します。導入作業はIT導入支援事業者と連携しながら進め、契約から支払いまですべて完了させましょう。

なお、ITツールの導入は必ず交付決定通知が送られた後にしてください。交付決定前にITツールを導入すると補助対象外となり、補助金を受給できません。

⑥事業実績報告後に補助金を受給

ITツールの導入後は、実際にかかったITツールの導入費用などを詳しく記載した事業実績報告を行います。事業実績報告後に補助金額が確定すると、申請マイページで補助額を確認できます。

補助額を確認した後に、指定された口座に金額が振り込まれる形です。なお、事業実績報告は公募要領で決められた期間内に実施する必要があります。

2025年IT導入補助金のインボイス枠における申請スケジュール

IT導入補助金は、2025年も継続して実施される予定です。実際に、令和6年度の予算で「サービス等生産性向上IT導入支援事業」が含まれており、既に事務局業務の公募も行われています。事務局業務は2025年8月末まで実施される予定であるため、2024年度と同様のスケジュールとなる可能性が高いです。

ただし、現時点では2025年IT導入補助金の実施スケジュールは公開されていません。最新情報は随時公式ホームページで更新されます。2025年のIT導入補助金公式ホームページが公開され次第、最新情報を定期的にチェックしておきましょう。

参考：令和6年度当初予算「サービス等生産性向上IT導入支援事業」にかかる事務局の公募について｜中小企業基盤整備機構

インボイス制度対応に利用できる他の補助金制度

インボイス制度対応には、IT導入補助金以外にも活用できる以下の補助金制度があります。

• ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金（ものづくり補助金）
• 小規模事業者持続化補助金

各制度の概要と活用方法を詳しくみていきましょう。

ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金（ものづくり補助金）

「ものづくり補助金」は、中小企業・小規模事業者を対象とした製品・サービス創出や生産性向上を目的とした補助金制度です。新しい設備・システムを導入して生産性向上を図る際に、対象となる経費の一部を補助してくれます。複数の申請枠が用意されており、省力化（オーダーメイド）枠の場合は補助額が最大8,000万円・補助率が最大2/3です。

ITツールだけでなく製造機器・業務改善のための設備導入も対象となるため、幅広い用途に対応しています。ただし、税抜き単価で50万円以上の機械設備・システム導入が補助対象となる点に注意が必要です。具体的には、インボイス制度に対応したPOSレジおよび対応するソフトウェアの導入費用などが対象となります。

補助金額が数百万円〜数千万円規模となるため、大規模なシステム導入を検討している事業者にとって特に有用です。申請時には、導入後の具体的な生産性向上効果を計画書に記載する必要があり、綿密な準備が必要です。

小規模事業者持続化補助金

「小規模事業者持続化補助金」は、小規模事業者が販路拡大・業務効率化を目指す際に利用できる補助金です。インボイス制度対応に関しては、適格請求書の発行・保存を支援する会計ソフトの導入費用などに充てられます。補助率は2/3〜3/4で、補助上限は最大200万円です。

小規模事業者持続化補助金の特徴は、適格請求書発行事業者に登録すると「インボイス特例」を受けられ、補助金が50万円上乗せされる点です。よって、インボイス対応を前提にシステム・機器を導入する場合は最大250万円が補助されます。

IT導入補助金のインボイス枠でよくある質問

IT導入補助金のインボイス枠でよくある質問として、以下があげられます。

• インボイスではPC・レジなどのハードウェアも購入も補助対象となる？
• インボイス枠の申請はいつまで？
• 通常枠とインボイス枠の併用はできる？

あらかじめ疑問や不安を解消しておき、IT導入補助金のインボイス枠申請をスムーズに行いましょう。

インボイスではPC・レジなどのハードウェアも購入も補助対象となる？

IT導入補助金のインボイス枠では、ソフトウェアを利用するために必要なPOSレジ・PCなどのハードウェアも対象となります。ただし、単独でハードウェアを購入するだけでは補助対象外であり、ソフトウェアと組み合わせての導入が必須です。

また、ハードウェアもソフトウェアと同様にIT導入支援事業者を通じて導入しなければなりません。IT導入支援事業者を通さずに自分で購入したハードウェアは補助対象とならないため、注意しましょう。

インボイス枠の申請はいつまで？

インボイス枠の申請期限は、補助金の公募期間ごとに設定されます。通常、複数回に分けて募集が行われ、具体的な締切日は年度ごとに異なります。

なお、2024年の公募は既に終了しており、現時点で2025年度の申請スケジュールは公開されていません。2025年の実施自体は予定されているため、随時公式ホームページでスケジュールを確認しておきましょう。

参考：令和6年度当初予算「サービス等生産性向上IT導入支援事業」にかかる事務局の公募について｜中小企業基盤整備機構

通常枠とインボイス枠の併用はできる？

IT導入補助金では、通常枠とインボイス枠を併用して申請が可能です。ただし、通常枠とインボイス枠を併用すると両方の審査で減点対象となる点に注意しましょう。

また、通常枠とインボイス枠で同じ機能をもつITツールを導入すると、さらに審査での減点幅が大きくなります。通常枠とインボイス枠を併用する場合は、機能が被らないITツールを選んで申請しましょう。

IT導入補助金でインボイス制度へスムーズに対応し経理業務の負担を減らそう

IT導入補助金のインボイス枠は中小企業がインボイス制度対応のために必要なITツールを導入する際、費用を補助する制度です。会計・受発注・決済ソフトなどが補助対象であり、システムの導入で業務効率化と法令遵守を同時に実現できます。

申請にはgBizIDプライムアカウントの取得などが必要で、審査では自社の経営課題解決につながるかなどの観点が評価されます。また、IT導入補助金以外にも「ものづくり補助金」「小規模事業者持続化補助金」などもインボイス対応に利用可能です。

公募要領で公募期間・対象条件を正確に把握し、早めの準備で補助金の受給を目指してください。ITツールの導入でインボイス制度へスムーズに対応し、経理業務の負担を減らしましょう。