IT導入補助金はECサイト構築・制作に使える？利用できる補助金も紹介

「ECサイトを作りたいけど、IT導入補助金は使える？」などの疑問を抱えている事業者も多いでしょう。2024年度からIT導入補助金ではECサイト構築が補助対象外となり、現在は補助金を活用できません。しかし、「ものづくり補助金」「小規模事業者持続化補助金」など、ECサイト構築・制作が補助対象になる他の補助金制度は存在します。

そこで、本記事ではECサイト制作に活用できる補助金の種類・申請のポイント・成功事例までをわかりやすく解説します。本記事を読めば、自社に合った補助金制度を活用してスムーズにECサイト構築・制作が可能です。補助金で経済的負担を抑えながらECサイトを構築・制作し、自社の中長期的な売上向上を目指しましょう。

IT導入補助金では2024年からECサイトの構築・制作は補助対象外となっている

2024年度のIT導入補助金からECサイトの構築・制作が補助対象外となり、2025年度も同様の措置が取られています。そのため、中小企業・小規模事業者がECサイトを新規に構築する際はIT導入補助金を活用できなくなりました。

ただし、「ものづくり補助金」「小規模事業者持続化補助金」などECサイト構築を支援する他の補助金制度も存在します。それぞれ申請条件・補助額が異なるため、詳細を確認して自社に適した補助金を選択しましょう。

また、いずれの補助金も申請手続きには時間がかかるため、早めの準備と計画が求められます。さらに、補助金の最新情報・公募状況は定期的に確認して申請するタイミングを逃さないよう注意が必要です。

ECサイトの構築に利用できる補助金4選

ECサイトの構築に利用できる補助金として、以下の4つを紹介します。

• ものづくり補助金
• 小規模事業者持続化補助金
• 事業再構築補助金
• 地域活性化支援補助金

上記の制度についての理解を深め、自社で要件を満たせる補助金を選んで申請しましょう。

ものづくり補助金

ものづくり補助金は中小企業・小規模事業者が革新的な製品・サービスの開発、生産プロセスの改善を行う際に活用できる補助金です。ECサイトの構築も、新的な製品・サービスの開発、生産プロセスの改善の取り組みの一環として認められる場合があります。

補助金額は従業員数に応じて最大1,250万円まで支給され、補助率は中小企業で1/2、小規模事業者・再生事業者では2/3です。ものづくり補助金の申請には具体的な事業計画書の作成が必要で、革新性・生産性向上の観点から審査されます。なお、直近で実施されている19次締切分の公募内容は、以下のとおりです。

引用：公募要領（第19次公募）｜ものづくり補助金

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者が販路開拓・業務効率化を図るための取り組みを支援する制度です。小規模事業者持続化補助金では、ECサイトの構築・改修も販路拡大の手段として補助対象となります。

補助金額は一般型（通常枠）で最大200万円、補助率は2/3ですが、ウェブサイト関連費の上限は申請額の1/4までです。申請には商工会・商工会議所と連携して作成する経営計画書が必要で、具体的な販路開拓の方法・期待される効果を明記する必要があります。

小規模事業者持続化補助金で現在公募要領が公開されている枠は、「一般型（通常枠）」「一般型（災害支援枠）」「創業型」の3つです。「一般型（通常枠）」「一般型（災害支援枠）」「創業型」の補助金額・補助率などの制度の詳細は、以下のとおりです。

引用：小規模事業者持続化補助金＜一般型＞（第17回受付締切回）｜商工会議所地区

引用：小規模事業者持続化補助金＜災害支援枠（令和6年能登半島地震）｜商工会議所地区

引用：小規模事業者持続化補助金＜創業型＞（第1回受付締切回）｜小規模事業者持続化補助金事務局＜創業型＞

事業再構築補助金

事業再構築補助金はポストコロナ時代の経済環境の変化に対応し、新たな事業展開を図る企業を支援するための補助金です。事業再構築補助金では新規事業の中核を担う役割としてECサイトが必要な場合に限り、補助対象となります。

中小企業の場合は最大1億円まで支給され、補助率は中小企業で1/2〜2/3、中堅企業で1/3〜1/2です。申請には事業再構築指針に沿った具体的な事業計画書の提出が必要で、売上高の減少など一定の要件を満たす必要があります。現在は2025年1月から募集されている第13回公募があり、申請枠ごとの補助率・補助金額などの制度詳細は以下のとおりです。

引用：公募要領（第13回）｜事業再構築補助金

地域活性化支援補助金

地域活性化支援補助金は、地方自治体が地域の経済活性化・中小企業の支援を目的として提供する補助金です。ECサイトの構築を通じて、地域産品の販路拡大・観光促進を図る取り組みが対象となる場合があります。

地域活性化支援補助金は自治体ごとに違う名称で実施しており、補助金額・補助率・申請要件なども異なる点が特徴です。例えば、千葉市中央区と北海道蘭越町では以下の名称で地域活性化支援補助金を提供しています。

引用：令和7年度中央区地域活性化支援事業「みんなで創る中央区づくり」の申請団体を募集します｜千葉市

引用：蘭越町地域活性化支援事業補助金交付要綱｜蘭越町

ECサイトで補助金の審査を通過するポイント

ECサイトで補助金の審査を通過するポイントとして、以下の3点があげられます。

• 申請要件・スケジュールを確認して早めに準備を進める
• 提出書類は加点項目を意識して作成する
• 税理士などの専門家に相談して手続きを進める

上記のポイントを意識して、各種補助金の申請手続きを進めましょう。

申請要件・スケジュールを確認して早めに準備を進める

補助金を申請する際は、まず申請要件とスケジュールを正確に把握しましょう。例えば、ものづくり補助金・小規模事業者持続化補助金などは申請期間・対象となる事業内容が異なります。申請スケジュールは年度ごとに変更されるケースが多いため、最新情報を確認してから申請しましょう。

なお、申請書類の作成・必要な証憑書類の収集には時間がかかるケースが多いため、早めに補助金申請の準備を行いましょう。申請要件を満たしていない場合は審査に通過できない可能性があるため、要件の詳細を確認してミスのないよう手続きを進めてください。

提出書類は加点項目を意識して作成する

補助金の審査では加点項目が設けられているものもあるため、要件を満たせば審査に通過する確率が高くなります。例えば、ものづくり補助金では審査時に以下の加点項目が設けられています。

引用：公募要領（第19次公募）｜ものづくり補助金

提出書類の作成時には上記の加点項目を意識して必要書類を作成し、関連する証憑書類は申請時に必ず添付しましょう。

税理士などの専門家に相談して手続きを進める

補助金申請は複雑な手続き・専門的な知識が必要となる場合が多いため、税理士・中小企業診断士などの専門家に相談するのがおすすめです。税理士や中小企業診断士は補助金の申請において、事業計画の策定・申請書類のチェックなどのサポートを提供している場合もあります。

そのため、自社だけで申請手続きを進めるよりも必要書類の精度が高まり、採択される可能性が高まります。また、依頼先によっては申請代行を行っているケースもあり、必要書類の作成にかかる手間を省ける点も魅力です。ただし、専門家への依頼には費用が発生するため、事前に予算内で支払えるか確認しておきましょう。

ECサイトで補助金を申請する際の注意点

ECサイトで補助金を申請する際の注意点として、以下の4つがあげられます。

• 審査に落ちれば補助金は受給できない
• 補助金が入金されるまでに時間がかかる
• 補助金の受給は基本的に補助対象事業実施後となる
• 同一の事業で複数の補助金は申請できない

各種補助金を申請する際は、上記のポイントに注意して手続きを進めましょう。

審査に落ちれば補助金は受給できない

補助金は申請すれば必ず受給できるわけではなく、審査基準を満たしていない場合は採択されない可能性があります。そのため、申請前に必要書類を入念に確認して正確にミスなく提出書類を作成しなければなりません。

また、採択される確率を高めるためには審査基準・加点項目を事前に把握して申請書類に盛り込む必要もあります。さらに、補助金が受給できない場合の資金計画も考慮し、他の資金調達方法を検討するなど代替手段を用意しておくことも必要です。

補助金が入金されるまでに時間がかかる

補助金は申請から入金までに、審査期間・手続きの進行状況によっては数ヶ月〜1年程度の時間を要する場合もあります。基本的に、補助金が入金されるまでにかかる経費は一度自社で全額支払わなければなりません。具体的には、ECサイト構築などのプロジェクトを先に自社資金で実施し、実績報告を行ったあとに補助金を受け取る流れとなります。

そのため、事前に資金状況を把握して資金繰りに余裕を持たせられるよう必要な運転資金を確保しておきましょう。また、制度によっては補助金の交付決定前に契約・支払いを行うと補助対象外となる場合があるため、注意が必要です。

同一の事業で複数の補助金は申請できない

原則として、同一の事業で複数の補助金を同時に申請できません。例えば、事業再構築補助金の公募要領では、中小企業生産性革命推進事業で申請しているのと同一の事業は補助対象外と記載されています。

• 中小企業生産性革命推進事業（ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金、小規模事業者持続化補助金等）等と同一の補助対象を含む事業

引用：公募要領（第13回）｜事業再構築補助金

そのため、補助金を活用する際は他の制度で同じ事業を申請していないかを確認しておきましょう。なお、異なる事業内容であれば複数の補助金申請は可能ですが、制度ごとに求められる要件を十分に確認してください。

過去に補助金でECサイト制作が採択された事例

過去に補助金でECサイト制作が採択された事例として、以下の2つを紹介します。

• WEBサイトの多言語化で越境EC事業を収益化｜ものづくり補助金
• 地域特性を活かしたECサイト「地域掘り出しサイト」の開発｜ものづくり補助金

ECサイト制作で補助金を申請する際は、上記の事例を参考にしてください。

WEBサイトの多言語化で越境EC事業を収益化｜ものづくり補助金

株式会社大王製作所はオリジナルグッズの企画・デザイン・生産を行う会社で、ものづくり補助金を活用して越境ECの体制強化に取り組みました。国内ECで培った実績をもとにBtoBからBtoCへのビジネスモデルの転換を図り、多品種少量対応の自動梱包機を導入します。

加えて、AI自動翻訳機能を搭載した多言語対応WEBサイトを構築し、海外顧客への情報発信力を高めました。特に、日本品質を保証する正規ライセンス商品の魅力をアピールして海外からの引き合いが増加し、売上向上につなげています。

参考：多品種少量梱包体制構築とWEBサイト多言語化で越境EC事業収益化｜ものづくり補助金

地域特性を活かしたECサイト「地域掘り出しサイト」の開発｜ものづくり補助金

第一印刷株式会社は印刷業を営む企業で、ものづくり補助金を活用して静岡の未組織事業者を支援するECサイト「地域掘り出しサイト（シズボリ）」を開設しました。印刷業で培った編集・デザイン技術を活かし、情報発信力の強化と地域活性化を両立します。

開設したECサイトではモール型とマーケットプレイス型を併用して小規模事業者の参加ハードルを下げ、出品しやすい仕組みを構築しました。SNSとも連携し、今後は教育機関との協業も視野に入れるなど地域再興を目指す挑戦が続いています。

参考：地域特性を活かしたECサイト「地域掘り出しサイト」の開発｜ものづくり補助金

IT導入補助金とECサイトに関するよくある質問

IT導入補助金とECサイトに関するよくある質問として、以下の5つを紹介します。

• ECサイトのリニューアルにIT導入補助金は使える？
• IT導入補助金は何に使える？
• 2025年のIT導入補助金もECサイトは対象外？
• ECサイトに使える補助金は個人事業主も申請できる？
• 東京都でECサイト構築・制作に使える補助金はある？

IT導入補助金とECサイトに関して疑問点がある場合は、上記質問への回答を参考にしてください。

ECサイトのリニューアルにIT導入補助金は使える？

2024年度からIT導入補助金の対象範囲が変更され、ECサイトの新規構築およびリニューアルは補助対象外となっています。そのため、既存のECサイトをリニューアルする際にもIT導入補助金は利用できません。

ただし、「ものづくり補助金」「小規模事業者持続化補助金」などは、ECサイトのリニューアルで補助金を活用できます。上記の補助金は事業の革新性・販路開拓の取り組みを支援する制度で、ECサイトの改善・新機能追加が目的に合致する場合は採択される可能性があります。「ものづくり補助金」「小規模事業者持続化補助金」の詳細な条件などは、各補助金の公式ウェブサイトで最新情報を確認しましょう。

IT導入補助金は何に使える？

IT導入補助金はITツール導入費用の一部を補助する制度で、業務効率化・生産性向上を目的としたソフトウェア・サービスの導入が対象です。例えば、会計ソフト・在庫管理システム・顧客管理ツールなどがIT導入補助金の補助対象ツールに該当します。

なお、IT導入補助金の申請はIT導入支援事業者を通じて行う必要があり、導入するITツールも事前に登録されたものに限られます。最新の補助対象範囲・申請手続きについては、公式ウェブサイトで確認しましょう。

2025年のIT導入補助金もECサイトは対象外？

2025年度のIT導入補助金においても、ECサイトの構築・リニューアルは補助対象外となる見込みです。2024年度からの方針が継続される予定であるため、ECサイト関連の取り組みでは他の補助金制度の活用を検討しましょう。今回紹介した「事業再構築補助金」「小規模事業者持続化補助金」などが、ECサイトの構築・改善に利用できる可能性があります。

ECサイトに使える補助金は個人事業主も申請できる？

個人事業主も、ECサイトの構築・運営に利用できる補助金の申請が可能です。例えば、小規模事業者持続化補助金は小規模事業者の販路開拓・業務効率化を支援する制度で、ECサイトの構築も対象となります。

また、ものづくり補助金も個人事業主が新たなサービス・製品の開発、生産プロセスの改善を行う際に必要なECサイト構築の費用補填に活用できます。ただし、補助金ごとに申請条件・補助内容が異なるため、公募要領で詳細を確認してから申請しましょう。

東京都でECサイト構築・制作に使える補助金はある？

東京都内では、自治体ごとにECサイト構築・制作に利用できる補助金が用意されています。例えば、中央区では「ECサイト活用補助金」が提供されており、新たに独自のECサイトを構築するための費用の一部を補助しています。「ECサイト活用補助金」の補助金額は上限5万円、補助率は対象経費の1/2ですが、既にECサイトを構築・利用している場合は対象外です。

補助金活用でECサイトを構築して中長期的な売上向上を目指そう

2024年度から、IT導入補助金ではECサイト構築が補助対象外となりました。しかし、「ものづくり補助金」「小規模事業者持続化補助金」など他の制度を活用すれば、ECサイト構築でも補助金の利用は可能です。審査通過には審査基準・加点項目を意識した申請書類の作成が重要で、補助金は事業実施後に後払いとなるため自己資金の確保も必要です。

もし、補助金の選定や申請に悩んでいるなら、「補助金Bizアシスト」での無料相談を検討してください。「補助金Bizアシスト」であれば、ECサイト構築に使える補助金の選定から申請まで一貫してサポートしてくれます。

なお、国以外にも東京都中央区の「ECサイト活用補助金」のように自治体ごとで提供される制度もあります。補助金を活用して経済的負担を抑えながらECサイトを構築し、中長期的な売上向上を目指しましょう。